Системное ПО (Linux, SLURM, Modules)
ПО для параллельных вычислений
Пакеты прикладных программ
Лицензионные программные пакеты
Фреймворки и библиотеки для задач машинного обучения и аналитики больших данных
Библиотеки
Системное ПО (Linux, SLURM, Modules)
-
Scientific Linux
7.5 (Nitrogen)
-
SLURM
-
Modules
-
gcc
v4.9.3, v6.2.0, v7.2.0
ПО для параллельных вычислений
-
CUDA
Библиотека CUDA позволяет использовать ресурсы GPU NVidia.
Версия: 7.0, 7.5, 8.0, 9.0, 9.1, 9.2, 10.0
Настроить переменную окружения можно командой:1module add CUDA 7.0, 7.5, 8.0, 9.0, 9.1, 9.2, 10.0Сайт: http://www.nvidia.ru/object/cuda-parallel-computing-ru.html
-
intel
Intel C++ — оптимизирующий компилятор, разрабатываемый фирмой Intel.
Версия: v2016.4.258, v2019.0.018
Настроить переменную окружения можно командой:1module add intel v2016.4.258, v2019.0.018 -
OpenMPI
Свободная реализация технологии MPI-2.
Версии: 1.8.8, 2.0.1, 2.1.2, 3.1.1, 3.1.2, 3.1.3
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):1module add openmpi/v1.8.8-1, openmpi/v2.0.1-2, openmpi/v2.1.2-2, openmpi/v3.1.1-2, openmpi/v3.1.2, openmpi/v3.1.3
Пакеты прикладных программ
Пакет ALPS
Algorithms and Libraries for Physics Simulations — проект с открытым исходным кодом, направленный на предоставление высокотехнологичных кодов моделирования для сильно коррелированных квантово-механических систем, а также библиотек C ++ для упрощения разработки такого кода.
Версия: 2.3.0
Настроить окружение для работы с пакетом можно командой:
1 |
module add ALPS v2.3.0 |
Сайт: http://alps.comp-phys.org/mediawiki/index.php/Main_Page
Blender
Профессиональное свободное и открытое программное обеспечение для создания трёхмерной компьютерной графики, включающее в себя средства моделирования, анимации, рендеринга, постобработки и монтажа видео со звуком, компоновки с помощью «узлов» (Node Compositing).
Версия: 2.79a
Настроить окружение для работы с пакетом можно командой:
1 |
module add blender 2.79a |
Сайт: https://www.blender.org/about/
CMake
(от англ. cross-platform make) — это кроссплатформенная система автоматизации сборки программного обеспечения из исходного кода.
Версия: v3.10.2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add CMake v3.10.2 |
Сайт: https://cmake.org/
FairSoft
Программный пакет для моделирования, реконструкции и анализа данных.
Версия: oct17p1, may18p1
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add FairSoft oct17p1, may18p1 |
Сайт: https://fairroot.gsi.de/
FairRoot
Программный пакет для моделирования, реконструкции и анализа данных.
Версия: oct17p1, v18.0.4
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add FairRoot oct17p1, v18.0.4 |
Сайт: https://fairroot.gsi.de/
FLAIR
Удобный интерфейс для FLUKA при работе с входными данными, запуске кода и визуализации выходных данных.
Версия: v2.3.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add FLAIR v2.3.0 |
Сайт: http://www.fluka.org/flair/
FLUKA
Программа для моделирования физики взаимодействия элементарных частиц (в том числе сверхвысоких энергий, что является отличительной особенностью данной программы) с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v2011.2x
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add FLUKA v2011.2x |
Сайт: http://www.fluka.org/fluka.php
FORM
Система символьных вычислений. В качестве основного признака размер рассматриваемых выражений в FORM ограничен только доступным дисковым пространством, а не доступным объемом оперативной памяти.
Версия: 4.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add FORM/v4.2.0 |
Сайт: https://www.nikhef.nl/~form/
GEANT3
GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v2-2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add GEANT3 v2-2 |
Сайт: http://www.geant4.org/geant4/
GEANT4
GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v4.10.01.p03
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add GEANT4 v4.10.01.p03 |
Сайт: http://www.geant4.org/geant4/
GEANT4_VMC v3-2-p1
GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v3-2-p1
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add GEANT4_VMC v3-2-p1 |
Сайт: http://www.geant4.org/geant4/
GROMACS
Пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике
Версия: v5.0.7
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add GROMACS v5.0.7 |
Сайт: http://www.gromacs.org/
HepMC
Программа для регистрации событий в физике высоких энергий.
Версия: v2.06.09
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add HepMC v2.06.09 |
Сайт: http://hepmc.web.cern.ch/hepmc/
java
Компилятор для языка программирования java.
- Версия: v8u181
Настроить переменную окружения можно командой:
1module add java v8u181 - Версия: v8u91
Настроить переменную окружения можно командой:
1module add java v8u91
LAMMPS
Свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчётов (до десятков миллионов атомов). Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI.
- Версия: v16.03.18
Настроить переменную окружения можно командой:
1module add LAMMPS v16.03.18 - Версия: v12.12.18
Настроить переменную окружения можно командой:
1module add LAMMPS v12.12.18
Сайт: https://lammps.sandia.gov/
Maven
maven v3.5.4
mit-scheme
mit-scheme v10.1.4
MPD
Версии: v17.12.06-hlit, v18.01.28-hlit, v18.02.12-hlit, v18.02.22-hlit, v18.04.06-hlit
MPDSOFT
Версии: v18.02.22-hlit, v18.04.06-hlit
PandaRoot
Фреймворк для симуляции для эксперимента PANDA на FAIR в Дармштадте, основанный на ROOT и Virtual Monte-Carlo.
Версия: dec17p2b
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add PandaRoot/dec17p2b |
Сайт: https://panda.gsi.de/
ParaView
Открытый графический кроссплатформенный пакет для интерактивной визуализации в исследовательских целях.
Версия: 5.5.2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add ParaView/v5.5.2 |
Сайт: http://www.paraview.org/
PYTHIA
Может использоваться для генерации событий физики высоких энергий.
Версии: 6.4.28, 8.2.11
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):
1 |
module add pythia6/428-2, pythia/v8211pre-5 |
Сайт для версии 6.4: https://pythiasix.hepforge.org/
Сайт для версии 8.2: http://home.thep.lu.se/~torbjorn/Pythia.html
Python
Высокоуровневый язык программирования общего назначения, ориентированный на повышение производительности разработчика и читаемости кода.
Версии: 2.7.10, 3.6.5
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):
1 |
module add Python/v2.7.10-3, Python/v3.6.5 |
Сайт: https://www.python.org/
REDUCE
Бесплатная система компьютерной алгебры для выполнения скалярной, векторной и матричной алгебры с помощью компьютера, которая также поддерживает числовую аппроксимацию произвольной точности и интерфейсы к gnuplot для предоставления графики.
Версия: svn-4830
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add reduce-algebra/svn-4830 |
Сайт: https://reduce-algebra.sourceforge.io
ROOT
Модульный научный программный инструментарий, обеспечивающий все функциональные возможности, необходимые для обработки больших данных, статистического анализа, визуализации и хранения.
Версии: 6-06-04, 6-08-06, 6-13-02
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):
1 |
module add ROOT/v6-06-04-3, ROOT/v6-08-06-3, ROOT/v6-13-02-1 |
Сайт: https://root.cern.ch/
THERMINATOR 2
THERMal heavy IoN generATOR version 2 – генератор событий Монте-Карло, предназначенный для изучения статистического рождения частиц при столкновениях релятивистских тяжелых ионов.
Версия: 2.0.3
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add therminator/v2.0.3-1 |
Сайт: https://therminator2.ifj.edu.pl/
VGM
Virtual Geometry Model – инструмент преобразования геометрии, фактически обеспечивающий преобразование между геометрическими моделями Geant4 и ROOT TGeo.
Версия: 4.3
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add vgm/4.3-7 |
Сайт: http://ivana.home.cern.ch/ivana/VGM.html
VisIt
Распределенный инструмент параллельной визуализации и графического анализа для данных, определенных в двух- и трехмерных (2D и 3D) сетках.
Версия: 2.13.2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add VisIt/v2.13.2 |
Сайт: https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit
VMD
Visual molecular dynamics – программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных сценариев.
Версия: 1.9.3
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add VMD/v1.9.3 |
Сайт: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/
Лицензионные программные пакеты
-
Comsol Multiphysics
Универсальная программная платформа для моделирования прикладных задач.
Версия: v5.3, v5.3a, v5.4
Количество лицензий: 3
Настроить переменную окружения можно командой:1module add COMSOL v5.3, v5.3a, v5.4 -
Maple
Программный пакет, система компьютерной алгебры, предназначенная для символьных вычислений, хотя имеет ряд средств и для численного решения дифференциальных уравнений и нахождения интегралов. Обладает развитыми графическими средствами. Имеет собственный язык программирования, напоминающий Паскаль.
Версия: 2017.3
Количество лицензий: 5
Настроить переменную окружения можно командой:1module add Maple v2017.3 -
Wolfram Mathematica
Cистема компьютерной алгебры, широко используемая в научных, инженерных, математических и компьютерных областях. Для системы существуют многочисленные расширения, решающие специализированные классы задач.
Версия: 11.2
Количество лицензий: 5
Настроить переменную окружения можно командой:1module add Mathematica v11.2 -
Matlab
Пакет прикладных программ для решения задач технических вычислений и одноимённый язык программирования, используемый в этом пакете. Пакет предоставляет пользователю большое количество (несколько сотен) функций для анализа данных, покрывающие практически все области математики.
Версия: r2017b
Доступных лицензий: 6
Настроить переменную окружения можно командой:1module add Matlab r2017b
Фреймворки и библиотеки для задач машинного обучения и аналитики больших данных
TensorFlow
Открытая программная библиотека для машинного обучения, разработанная компанией Google для решения задач построения и тренировки нейронной сети с целью автоматического нахождения и классификации образов, достигая качества человеческого восприятия.
Версии: 1.6.0, 1.8.0, 1.9.0
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):
1 |
module add tensorflow/1.6.0-4, tensorflow/1.8.0-1, tensorflow/1.9.0-1 |
Сайт: https://www.tensorflow.org/
Библиотеки
boost
Собрание библиотек классов, использующих функциональность языка C++ и предоставляющих удобный кроссплатформенный высокоуровневый интерфейс для лаконичного кодирования различных повседневных подзадач программирования (работа с данными, алгоритмами, файлами, потоками и т. п.).
Версия: v1.59.0, v1.68.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add boost v1.59.0, v1.68.0 |
Сайт: https://www.boost.org/
CLN
Библиотека для эффективных вычислений со всеми видами чисел с произвольной точностью.
Версия: 1.3.4
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add CLN/v1.3.4-1 |
Сайт: https://www.ginac.de/CLN/
FFTW
Самое быстрое преобразование Фурье на Западе — это библиотека программного обеспечения для вычисления дискретных преобразований Фурье.
Версия: v3.3.7
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add fftw v3.3.7 |
Сайт: http://www.fftw.org/
flatbuffers v1.3.0
Библиотека платформенно-независимой сериализации для C++, C#, C, Go, Java, JavaScript, Lobster, Lua, TypeScript, PHP, Python и Rust.
Версия: v1.3.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add flatbuffers v1.3.0 |
Сайт: https://google.github.io/flatbuffers/
Ginac
Является C++ библиотекой. GiNaC предназначена для обеспечения возможности создания интегрированных систем, которые используют символьные вычисления. GiNaC распространяется под условиями GNU General Public License (GPL).
Версия: v1.7.3, v1.7.5_gcc720
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add Ginac v1.7.3, v1.7.5_gcc720 |
Сайт: https://www.ginac.de/
GMP v6.1.2
Библиотека, написанная на языке Си, предназначенная для вычислений с плавающей запятой, целыми и рациональными числами с произвольной точностью. Библиотека широко используется в криптографических целях и для компьютерных вычислений. Данная библиотека необходима для сборки gcc.
Версия: v6.1.2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add GMP v6.1.2 |
Сайт: https://gmplib.org/
googletest 1.8.0
Библиотека для модульного тестирования (англ. unit testing) на языке С++.
Версия: 1.8.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add googletest 1.8.0 |
GSL v1.16
GNU Scientific Library (или GSL) — это библиотека, написанная на языке программирования C для численных вычислений в прикладной математике и науке.
Версия: v7.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add gcc v7.2.0 |
Сайт: https://www.gnu.org/software/gsl/
gtk3 v3.22.10
GTK+ (сокращение от GIMP ToolKit) — свободное ПО, распространяемое на условиях GNU LGPL, позволяющей создавать как свободное, так и проприетарное программное обеспечение с использованием библиотеки. GTK+ является официальной библиотекой для создания графического интерфейса проекта GNU.
Версия: v3.22.10
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add gtk3 v3.22.10 |
Сайт: https://www.gtk.org/
lhapdf v6.1.5
С++ интерполятор, используемый для получения PDF файлов из дискретных данных.
Версия: v6.1.5
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add lhapdf v6.1.5 |
Сайт: https://lhapdf.hepforge.org/
libpng v1.6.18
Официальная эталонная библиотека для работы с растровой графикой в формате PNG (первоначально носила название pnglib). Библиотека является платформо-независимой и состоит из функций, написанных на языке Си.
Версия: v1.6.18
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add libpng v1.6.18 |
Сайт: http://libpng.org/pub/png/libpng.html
nanomsg
Версия: 1.0.0+git_c52f1bedca
nccl
Версия: v2.2.13
PostgreSQL
Свободная объектно-реляционная система управления базами данных (СУБД).
Версия: 10.3
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add PostgreSQL/v10.3 |
Сайт: https://postgresql.org/
Protocol Buffers
Протокол сериализации структурированных данных, предложенный Google.
Версия: 2.6.1
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add protobuf/v2.6.1-1 |
Сайт: https://developers.google.com/protocol-buffers/
Quantum ESPRESSO
Quantum opEn-Source Package for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization – интегрированный набор компьютерных кодов с открытым исходным кодом для расчетов электронной структуры и моделирования материалов на наноуровне. Он основан на теории функционала плотности, плоских волнах и псевдопотенциалах.
Версия: 6.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add quantum-espresso/v6.2.0-1 |
Сайт: http://www.quantum-espresso.org/
RMPE
Regional Multi-person Pose Estimation – двухэтапная структура для задачи оценки позы для нескольких человек. Вы можете использовать код для обучения / оценки модели для задачи оценки позы.
Версия: rc3
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add RMPE/rc3-1 |
Сайт: https://github.com/Fang-Haoshu/RMPE
SQLite
Библиотека языка C, которая реализует небольшой, быстрый, автономный, высоконадежный, полнофункциональный механизм базы данных SQL.
Версия: 3.15.0
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):
1 |
module add sqlite/v3.15.0-1 |
Сайт: https://sqlite.org/index.html
TRNG
Tina’s Random Number Generator Library – современная библиотека C ++ для генерации псевдослучайных чисел для последовательного и параллельного моделирования Монте-Карло.
Версия: 4.20
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add trng/v4.20 |
Сайт: https://www.numbercrunch.de/trng/
YAML
YAML: YAML Ain’t Markup Language – это дружественный стандарт сериализации данных для всех языков программирования.
Версия: 0.5.2
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add yaml-cpp/v0.5.2-3 |
Сайт: https://yaml.org/
ZeroMQ
Высокопроизводительная библиотека асинхронного обмена сообщениями, предназначенная для использования в распределенных или параллельных приложениях.
Версия: 4.1.5
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add ZeroMQ/v4.1.5-1 |
Сайт: http://zeromq.org/
zlib
Свободная кроссплатформенная библиотека для сжатия данных.
Версия: 1.2.11
Настроить переменную окружения можно командой:
1 |
module add zlib/v1.2.11-1 |
Сайт: http://www.zlib.net/