Установленное ПО

 

---

 

Системное ПО (Linux, SLURM, Modules)

• Scientific Linux

  7.5 (Nitrogen)

• SLURM

• Modules

• gcc

  v4.9.3, v6.2.0, v7.2.0

 

---

 

ПО для параллельных вычислений

• CUDA

  Библиотека CUDA позволяет использовать ресурсы GPU NVidia.
  Версия: 7.0, 7.5, 8.0, 9.0, 9.1, 9.2, 10.0
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add CUDA 7.0, 7.5, 8.0, 9.0, 9.1, 9.2, 10.0

  1	module add CUDA 7.0, 7.5, 8.0, 9.0, 9.1, 9.2, 10.0

  Сайт: http://www.nvidia.ru/object/cuda-parallel-computing-ru.html

• intel

  Intel C++ — оптимизирующий компилятор, разрабатываемый фирмой Intel.
  Версия: v2016.4.258, v2019.0.018
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add intel v2016.4.258, v2019.0.018

  1	module add intel v2016.4.258, v2019.0.018

  Сайт: https://software.intel.com/en-us/compilers

• OpenMPI

  Свободная реализация технологии MPI-2.
  Версии: 1.8.8, 2.0.1, 2.1.2, 3.1.1, 3.1.2, 3.1.3
  Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

  module add openmpi/v1.8.8-1, openmpi/v2.0.1-2, openmpi/v2.1.2-2, openmpi/v3.1.1-2, openmpi/v3.1.2, openmpi/v3.1.3

  1	module add openmpi/v1.8.8-1, openmpi/v2.0.1-2, openmpi/v2.1.2-2, openmpi/v3.1.1-2, openmpi/v3.1.2, openmpi/v3.1.3

  Сайт: https://www.open-mpi.org/

 

---

 

Пакеты прикладных программ

 

Пакет ALPS

Algorithms and Libraries for Physics Simulations — проект с открытым исходным кодом, направленный на предоставление высокотехнологичных кодов моделирования для сильно коррелированных квантово-механических систем, а также библиотек C ++ для упрощения разработки такого кода.
Версия: 2.3.0
Настроить окружение для работы с пакетом можно командой:

Сайт: http://alps.comp-phys.org/mediawiki/index.php/Main_Page

Blender

Профессиональное свободное и открытое программное обеспечение для создания трёхмерной компьютерной графики, включающее в себя средства моделирования, анимации, рендеринга, постобработки и монтажа видео со звуком, компоновки с помощью «узлов» (Node Compositing).
Версия: 2.79a
Настроить окружение для работы с пакетом можно командой:

Сайт: https://www.blender.org/about/

CMake

(от англ. cross-platform make) — это кроссплатформенная система автоматизации сборки программного обеспечения из исходного кода.
Версия: v3.10.2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://cmake.org/

FairSoft

Программный пакет для моделирования, реконструкции и анализа данных.
Версия: oct17p1, may18p1
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://fairroot.gsi.de/

FairRoot

Программный пакет для моделирования, реконструкции и анализа данных.
Версия: oct17p1, v18.0.4
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://fairroot.gsi.de/

FLAIR

Удобный интерфейс для FLUKA при работе с входными данными, запуске кода и визуализации выходных данных.
Версия: v2.3.0
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.fluka.org/flair/

FLUKA

Программа для моделирования физики взаимодействия элементарных частиц (в том числе сверхвысоких энергий, что является отличительной особенностью данной программы) с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v2011.2x
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.fluka.org/fluka.php

FORM

Система символьных вычислений. В качестве основного признака размер рассматриваемых выражений в FORM ограничен только доступным дисковым пространством, а не доступным объемом оперативной памяти.
Версия: 4.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.nikhef.nl/~form/

GEANT3

GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v2-2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.geant4.org/geant4/

GEANT4

GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v4.10.01.p03
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.geant4.org/geant4/

GEANT4_VMC v3-2-p1

GEANT — инструментарий для моделирования прохождения элементарных частиц через вещество с использованием методов Монте-Карло.
Версия: v3-2-p1
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.geant4.org/geant4/

GROMACS

Пакет программ для моделирования физико-химических процессов в молекулярной динамике
Версия: v5.0.7
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.gromacs.org/

HepMC

Программа для регистрации событий в физике высоких энергий.
Версия: v2.06.09
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://hepmc.web.cern.ch/hepmc/

java

Компилятор для языка программирования java.

• Версия: v8u181
  Настроить переменную окружения можно командой:
  
  module add java v8u181

  1	module add java v8u181

• Версия: v8u91
  Настроить переменную окружения можно командой:
  
  module add java v8u91

  1	module add java v8u91

LAMMPS

Свободный пакет для классической молекулярной динамики, написанный группой из Сандийских национальных лабораторий. Пакет может применяться для крупных расчётов (до десятков миллионов атомов). Для работы на многопроцессорных системах используется интерфейс MPI.

• Версия: v16.03.18
  Настроить переменную окружения можно командой:
  
  module add LAMMPS v16.03.18

  1	module add LAMMPS v16.03.18

• Версия: v12.12.18
  Настроить переменную окружения можно командой:
  
  module add LAMMPS v12.12.18

  1	module add LAMMPS v12.12.18

Сайт: https://lammps.sandia.gov/

Maven

maven v3.5.4

mit-scheme

mit-scheme v10.1.4

MPD

Версии: v17.12.06-hlit, v18.01.28-hlit, v18.02.12-hlit, v18.02.22-hlit, v18.04.06-hlit

MPDSOFT

Версии: v18.02.22-hlit, v18.04.06-hlit

PandaRoot

Фреймворк для симуляции для эксперимента PANDA на FAIR в Дармштадте, основанный на ROOT и Virtual Monte-Carlo.
Версия: dec17p2b
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://panda.gsi.de/

ParaView

Открытый графический кроссплатформенный пакет для интерактивной визуализации в исследовательских целях.
Версия: 5.5.2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.paraview.org/

PYTHIA

Может использоваться для генерации событий физики высоких энергий.
Версии: 6.4.28, 8.2.11
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

Сайт для версии 6.4: https://pythiasix.hepforge.org/
Сайт для версии 8.2: http://home.thep.lu.se/~torbjorn/Pythia.html

Python

Высокоуровневый язык программирования общего назначения, ориентированный на повышение производительности разработчика и читаемости кода.
Версии: 2.7.10, 3.6.5
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

Сайт: https://www.python.org/

REDUCE

Бесплатная система компьютерной алгебры для выполнения скалярной, векторной и матричной алгебры с помощью компьютера, которая также поддерживает числовую аппроксимацию произвольной точности и интерфейсы к gnuplot для предоставления графики.
Версия: svn-4830
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://reduce-algebra.sourceforge.io

ROOT

Модульный научный программный инструментарий, обеспечивающий все функциональные возможности, необходимые для обработки больших данных, статистического анализа, визуализации и хранения.
Версии: 6-06-04, 6-08-06, 6-13-02
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

Сайт: https://root.cern.ch/

THERMINATOR 2

THERMal heavy IoN generATOR version 2 – генератор событий Монте-Карло, предназначенный для изучения статистического рождения частиц при столкновениях релятивистских тяжелых ионов.
Версия: 2.0.3
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://therminator2.ifj.edu.pl/

VGM

Virtual Geometry Model – инструмент преобразования геометрии, фактически обеспечивающий преобразование между геометрическими моделями Geant4 и ROOT TGeo.
Версия: 4.3
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://ivana.home.cern.ch/ivana/VGM.html

VisIt

Распределенный инструмент параллельной визуализации и графического анализа для данных, определенных в двух- и трехмерных (2D и 3D) сетках.
Версия: 2.13.2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://wci.llnl.gov/simulation/computer-codes/visit

VMD

Visual molecular dynamics – программа молекулярной визуализации для отображения, анимации и анализа больших биомолекулярных систем с использованием трехмерной графики и встроенных сценариев.
Версия: 1.9.3
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

---

 

Лицензионные программные пакеты

• Comsol Multiphysics

  Универсальная программная платформа для моделирования прикладных задач.
  Версия: v5.3, v5.3a, v5.4
  Количество лицензий: 3
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add COMSOL v5.3, v5.3a, v5.4

  1	module add COMSOL v5.3, v5.3a, v5.4

  Сайт: https://www.comsol.ru/comsol-multiphysics

• Maple

  Программный пакет, система компьютерной алгебры, предназначенная для символьных вычислений, хотя имеет ряд средств и для численного решения дифференциальных уравнений и нахождения интегралов. Обладает развитыми графическими средствами. Имеет собственный язык программирования, напоминающий Паскаль.
  Версия: 2017.3
  Количество лицензий: 5
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add Maple v2017.3

  1	module add Maple v2017.3

  Сайт: https://www.maplesoft.com/products/maple/

• Wolfram Mathematica

  Cистема компьютерной алгебры, широко используемая в научных, инженерных, математических и компьютерных областях. Для системы существуют многочисленные расширения, решающие специализированные классы задач.
  Версия: 11.2
  Количество лицензий: 5
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add Mathematica v11.2

  1	module add Mathematica v11.2

  Сайт: https://reference.wolfram.com/language/

• Matlab

  Пакет прикладных программ для решения задач технических вычислений и одноимённый язык программирования, используемый в этом пакете. Пакет предоставляет пользователю большое количество (несколько сотен) функций для анализа данных, покрывающие практически все области математики.
  Версия: r2017b
  Доступных лицензий: 6
  Настроить переменную окружения можно командой:

  module add Matlab r2017b

  1	module add Matlab r2017b

  Сайт: https://www.mathworks.com/help/matlab/

 

---

 

Фреймворки и библиотеки для задач машинного обучения и аналитики больших данных

TensorFlow

Открытая программная библиотека для машинного обучения, разработанная компанией Google для решения задач построения и тренировки нейронной сети с целью автоматического нахождения и классификации образов, достигая качества человеческого восприятия.
Версии: 1.6.0, 1.8.0, 1.9.0
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

Сайт: https://www.tensorflow.org/

---

 

Библиотеки

 

boost

Собрание библиотек классов, использующих функциональность языка C++ и предоставляющих удобный кроссплатформенный высокоуровневый интерфейс для лаконичного кодирования различных повседневных подзадач программирования (работа с данными, алгоритмами, файлами, потоками и т. п.).
Версия: v1.59.0, v1.68.0 
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.boost.org/

CLN

Библиотека для эффективных вычислений со всеми видами чисел с произвольной точностью.
Версия: 1.3.4
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.ginac.de/CLN/

FFTW

Самое быстрое преобразование Фурье на Западе — это библиотека программного обеспечения для вычисления дискретных преобразований Фурье.
Версия: v3.3.7
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.fftw.org/

flatbuffers v1.3.0

Библиотека платформенно-независимой сериализации для C++, C#, C, Go, Java, JavaScript, Lobster, Lua, TypeScript, PHP, Python и Rust.
Версия: v1.3.0
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://google.github.io/flatbuffers/

Ginac

Является C++ библиотекой. GiNaC предназначена для обеспечения возможности создания интегрированных систем, которые используют символьные вычисления. GiNaC распространяется под условиями GNU General Public License (GPL).
Версия: v1.7.3, v1.7.5_gcc720  
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.ginac.de/

GMP v6.1.2

Библиотека, написанная на языке Си, предназначенная для вычислений с плавающей запятой, целыми и рациональными числами с произвольной точностью. Библиотека широко используется в криптографических целях и для компьютерных вычислений. Данная библиотека необходима для сборки gcc.
Версия: v6.1.2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://gmplib.org/

googletest 1.8.0

Библиотека для модульного тестирования (англ. unit testing) на языке С++.
Версия: 1.8.0
Настроить переменную окружения можно командой:

GSL v1.16

GNU Scientific Library (или GSL) — это библиотека, написанная на языке программирования C для численных вычислений в прикладной математике и науке.
Версия: v7.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.gnu.org/software/gsl/

gtk3 v3.22.10

GTK+ (сокращение от GIMP ToolKit) — свободное ПО, распространяемое на условиях GNU LGPL, позволяющей создавать как свободное, так и проприетарное программное обеспечение с использованием библиотеки. GTK+ является официальной библиотекой для создания графического интерфейса проекта GNU.
Версия: v3.22.10
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.gtk.org/

lhapdf v6.1.5

С++ интерполятор, используемый для получения PDF файлов из дискретных данных.
Версия: v6.1.5
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://lhapdf.hepforge.org/

libpng v1.6.18

Официальная эталонная библиотека для работы с растровой графикой в формате PNG (первоначально носила название pnglib). Библиотека является платформо-независимой и состоит из функций, написанных на языке Си.
Версия: v1.6.18
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://libpng.org/pub/png/libpng.html

nanomsg

Версия: 1.0.0+git_c52f1bedca

nccl

Версия: v2.2.13

PostgreSQL

Свободная объектно-реляционная система управления базами данных (СУБД).
Версия: 10.3
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://postgresql.org/

Protocol Buffers

Протокол сериализации структурированных данных, предложенный Google.
Версия: 2.6.1
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://developers.google.com/protocol-buffers/

Quantum ESPRESSO

Quantum opEn-Source Package for Research in Electronic Structure, Simulation, and Optimization – интегрированный набор компьютерных кодов с открытым исходным кодом для расчетов электронной структуры и моделирования материалов на наноуровне. Он основан на теории функционала плотности, плоских волнах и псевдопотенциалах.
Версия: 6.2.0
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.quantum-espresso.org/

RMPE

Regional Multi-person Pose Estimation – двухэтапная структура для задачи оценки позы для нескольких человек. Вы можете использовать код для обучения / оценки модели для задачи оценки позы.
Версия: rc3
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://github.com/Fang-Haoshu/RMPE

SQLite

Библиотека языка C, которая реализует небольшой, быстрый, автономный, высоконадежный, полнофункциональный механизм базы данных SQL.
Версия: 3.15.0
Настроить переменную окружения можно командой (соответственно для каждой версии):

Сайт: https://sqlite.org/index.html

TRNG

Tina’s Random Number Generator Library – современная библиотека C ++ для генерации псевдослучайных чисел для последовательного и параллельного моделирования Монте-Карло.
Версия: 4.20
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://www.numbercrunch.de/trng/

YAML

YAML: YAML Ain’t Markup Language – это дружественный стандарт сериализации данных для всех языков программирования.
Версия: 0.5.2
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: https://yaml.org/

ZeroMQ

Высокопроизводительная библиотека асинхронного обмена сообщениями, предназначенная для использования в распределенных или параллельных приложениях.
Версия: 4.1.5
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://zeromq.org/

zlib

Свободная кроссплатформенная библиотека для сжатия данных.
Версия: 1.2.11
Настроить переменную окружения можно командой:

Сайт: http://www.zlib.net/