Мамасахлисов Е.Ш. (РАУ, ЕрГУ, ИППФ, Армения), Витя Варданян (Институт молекулярной биологии НАН РА)
В качестве модельной системы рассматривался белок представленный в pdb-файле 8SIN (рис. 1), состоящий из четырех мономерных белков.
Рис. 1. Белок KCNQ1 в «нижней» конформации
Для изучения его конформационных изменений под действием внешнего электрического поля была создана система, состоящая из одного мономерного белка (см. рис. 2),
Рис. 2. Мономер белка KCNQ1 в «нижней» конформации
встроенного в бислойную липидную мембрану в водном растворе, как это показано на Рис. 3.
Рис. 3. Мономер белка KCNQ1 встроенный в мембрану в присутствие воды
Система была создана с использованием веб-интерфейса charmm-gui. Система состоит из бислойной мембраны, образованной липидами POPC, воды, ионов натрия и хлора и собственно мономерного белка. Имитационное моделирование производилось с применением силового поля CHARMM36m, модель воды — TIP3P. Характерным параметром, отвечающим за открытие — закрытие канала является расстояние между аминокислотными остатками PHE167-ARG228. Взаимное расположение этих звеньев для различных канала представлено на Рис. 4. Моделирование проводилось при трансмембранном потенциале 400mV.
Рис. 4. Взаимное расположение PHE167-ARG228
График зависимости расстояния PHE167-ARG228 в зависимости от времени симуляции представлен на Рис. 5.
Рис. 5. Временная зависимость расстояния PHE167-ARG228