Полигон для работы с медицинскими данными

О полигоне

На ресурсах экосистемы ML/DL/HPC гетерогенной платформы HybriLIT функционирует полигон для работы с медицинскими данными компьютерной томографии (КТ),  магнитно-разонансной томографии (МРТ) и функциональной магнитно-резонансной томографии (фМРТ) для форматов DICOM и Nifti в среде JupyterLab. Характеристики сервиса позволяют читать и хранить данные с помощью установленных библиотек. Характеристика сервера:

• 2x Intel Xeon Gold 6126 (48 core @ 2.60 GHz)
• 256 GB RAM

На данный момент на полигоне установлены следующие библиотеки для визуализации:

• PyDicom (https://github.com/pydicom/pydicom, документация)
• Nipype (https://github.com/nipy/nipype, документация)
• PySurfer (https://github.com/nipy/PySurfer, документация)

Работа на полигоне

Доступ к полигону предоставляется только из внутренней сети ОИЯИ. Для получения доступа к ресурсам полигона необходимо прислать письмо с желаемым логином на одну из электронных почт администраторов: aanikina@jinr.ru, zuevmax@jinr.ru. В ответном письме придет письмо с подтверждением получения доступа и паролем на полигон. Для упрощения работы с установленными библиотеками на языке Python, ускорения работы с данными и упрощения работы с библиотеками чтения и визуализации данных на полигоне установлен интерфейс JupyterLab – многопользовательская версия JupyterHub с настроенным окружением ct-mri в виде отдельной «кнопки».

Рис.1. Полигон для работы с медицинскими данными

Для доступа к полигону необходимо:

1. В веб-браузере перейти по ссылке https://hlit-th-ct.jinr.ru, и ввести логином и пароль.
2. В правой части выбрать рабочее окружение в виде «кнопки», нажав на нее левой кнопкой мыши.
3. Откроется Jupyter Notebook для работы с данными.