На ресурсах экосистемы ML/DL/HPC гетерогенной платформы HybriLIT функционирует полигон для работы с медицинскими данными компьютерной томографии (КТ), магнитно-разонансной томографии (МРТ) и функциональной магнитно-резонансной томографии (фМРТ) для форматов DICOM и Nifti в среде JupyterLab.
Характеристика сервера:
- 2x Intel Xeon Gold 6126 (48 core @ 2.60 GHz)
- 256 GB RAM
На данный момент на полигоне установлены следующие библиотеки для визуализации:
- PyDicom (github, документация);
- Nipype (github, документация);
- PySurfer (github, документация).
Работа на полигоне
Доступ к полигону предоставляется из сети ОИЯИ. Для получения доступа к ресурсам полигона необходимо прислать письмо с логином одному из администраторов: aanikina@jinr.ru, zuevmax@jinr.ru. В ответном письме придет подтверждение получения доступа и пароль на полигон. Для работы с установленными библиотеками Python, ускорения работы с данными и работы с библиотеками чтения и визуализации данных на полигоне установлен интерфейс JupyterLab с настроенным окружением ct-mri в виде отдельной «кнопки».
Рис.1. Полигон для работы с медицинскими данными
Для доступа к полигону необходимо:
- В веб-браузере перейти по ссылке https://hlit-th-ct.jinr.ru, и ввести логином и пароль.
- В правой части выбрать рабочее окружение в виде «кнопки», нажав на нее левой кнопкой мыши.
- Откроется Jupyter Notebook для работы с данными.